A Contra-Reforma católica tentou frear a expansão da Reforma Protestante. O Papa Paulo III incentivou os sacerdotes católicos a se dedicar mais aos deveres espirituais e convocou uma comissão para criar as bases da Reforma Católica. Esse trabalho foi continuado pelo Papa Paulo IV, o primeiro reformador ativo. Com Pio V, foi publicada uma nova versão do catecismo.
Com essa Reforma, o papado recuperou a dignidade de sua imagem.
Em 1545 houve a realização do Concílio de Trento, onde foram tomadas algumas medidas:
1. a criação do índex (Index Librorum Proibitorum): índice de livros que passaram a ser proibidos, pois contestavam os dogmas da igreja Católica;
2. a prática de boas ações, jejuns e peregrinações foram mantidas como fundamentais para que o homem conseguisse a salvação;
3. houve a proibição de venda das indulgências;
4. foi mantida a proibição do casamento de padres e freiras;
5. os padres teriam que estudar o catolicismo a fundo.
Houve a criação da Companhia de Jesus, em 1534, por Inácio Loyola. Tinha por objetivo divulgar o evangelho. Através dos jesuítas os ensinamentos católicos foram levados para a América e África, fortalecendo a igreja Católica. Os jesuítas também foram responsáveis pela catequização dos índios nas colônias da Espanha e de Portugal na América.
O Antigo Tribunal da Santa Inquisição, instaurado pelo Papa Gregório IX em 1231, teve seu poder restaurado especialmente nos países ibéricos. Na Espanha, a Inquisição, retomada pelos reis católicos, atuou contra os núcleos protestantes, contra os convertidos que conservavam práticas judaicas e nos casos de bruxarias e feitiçarias. Através desse tribunal, muitos considerados hereges e aqueles que pertenciam ao protestantismo foram punidos. A Santa Inquisição investigava qualquer um considerado suspeito de não seguir os ensinamentos católicos.
Os perseguidos eram os dissidentes e hereges eram perseguidos tanto pela Igreja Católica como pelos luteranos e calvinistas, em nome de seus respectivos dogmas de fé.
Os métodos inquisitórios eram a tortura e a morte na fogueira eram os dois métodos mais utilizados pelo Santo Ofício ou Inquisição para castigar as pessoas consideradas hereges. A delação permitia aos inquisidores prender os que não estavam de acordo com a doutrina da Igreja.